公司设立前，往往会由全体投资人共同签订股东投资协议，协议中既有调整公司设立完成之前的事项，同时又有调整公司成立后股东之间、公司与股东之间的权利义务关系，以及公司治理结构的内容。
但是实践中，其中的许多内容并未被纳入之后所订立的公司章程之中。况且，有时股东投资协议中确实存在某些不便载入公司章程的约定内容。此外，往往还由于工商行政管理部门要求按照其统一制定的样本格式起草公司章程的原因，造成许多股东间特别约定的协议内容无法被载入公司章程之中。因此，司法审判中存在许多因两者之间冲突而引起纠纷的案例。
案例一：江苏拓牛资产管理有限公司与刘桔、尹勇与公司有关的纠纷二审民事判决书
2016年1月25日，刘桔、尹勇与陈安虎、葛雷签订《合资协议》一份，对各方共同投资设立拓牛公司达成协议。其中，尹勇、刘桔以量化对冲技术出资，该量化对冲技术作价500万元，归入公司资产。根据公司章程的股东名册记载，股东均为货币出资。后刘桔、尹勇与拓牛公司之间关于刘桔、尹勇是以技术出资还是货币出资产生纠纷。
法院判决认为，《合资协议》是拓牛公司发起人为设立公司签订的设立协议，公司章程通常是在设立协议的基础上根据法律的规定制成，在没有争议和符合《公司法》的前提下，设立协议的基本内容通常都为公司章程所吸收，一般不会发生二者间的矛盾和冲突。《合资协议》在合资说明中约定，刘桔、尹勇以量化对冲技术作价500万元归入公司资产，由其他各方按各自股权比例现金支付给刘桔、尹勇，刘桔、尹勇以此款项缴纳出资款，说明拓牛公司发起人在设立公司之初，就已明确刘桔、尹勇对公司是以货币出资，此约定与公司章程一致。退一步说，即使对于相同的事项，设立协议与公司章程有不同的规定，甚至产生冲突时，设立协议应让位于公司章程。
案例二：郭晓涛、南京德乐科技有限公司股东出资纠纷再审审查与审判监督民事裁定书
合酷胜公司四个股东签订《投资协议书》，对各方共同投资设立合酷胜公司达成协议，约定各方投资方应于2016年1月20日前完成全部出资。该《投资协议书》第十六条第3款还约定“本协议与合作公司章程及其他工商登记文件、内部决议文件等有冲突的以本协议内容为准”。合酷升公司公司章程约定的出资时间为2064年12月30日。后就合酷胜公司股东郭晓涛出资时间是否逾期，是否应承担违约责任产生纠纷。
法院判决认为合酷胜公司的各方股东所确定《投资协议书》系当事人真实意思表示，对各方当事人均具有法律约束力。根据《投资协议书》的约定，郭晓涛应于2016年1月20日前履行全部出资义务。虽然此后《广州合酷胜通信科技有限公司公司章程》有出资时间为2064年12月30日的条款，但该条款与上述《投资协议书》约定的出资时间冲突，应当以《投资协议书》确定的出资时间为准。
实务总结：
1、股东为设立公司而签订的投资协议书在不与公司章程冲突，也未违反法律强制性规定的情形下，股东投资协议实际承担了公司章程之外的规则性协议的功能。在公司完成工商登记设立后，由全体投资人所共同参与订立的股东投资协议对各缔约投资股东仍具有法律效力。
2、虽然公司法没有规定，但是在投资协议书与公司章程冲突的情形下，法院一般会判决以公司章程为准，同时，因投资协议书为股东所签订，本质为合同，无法像公司章程一样对外具有公示效力，因此该投资协议如果涉及到未签订该协议的其他股东或者公司债权人的合法权利，也应当以公司章程为准。建议股东可根据投资协议书修改公司章程，将投资协议书的条款“公示化”以消除两者冲突的情形。
3、如果投资协议书有约定协议与公司章程及其他工商登记文件、内部决议文件等有冲突的，以协议内容为准的条款，在协议书不违反法律强制性规定的情况下，法院有可能判决以协议为准。
